confを利用する場合にはこんな感じ
%/usr/local/bin/ja-webalizer -c /usr/local/etc/webalizer/ja-webalizer-xxx.conf /usr/local/var_log_xxx/xxx-access.log.2.gz

access_logというのが最新のアクセスログで、××.1、××.2、××.3の順に古くなっていく。この過去のログをWebalizerへ古い方から順番に読み込ませるといい。これでログに残っている分はすべて集計することができる。
# webalizer /var/log/httpd/access_log.4
# webalizer /var/log/httpd/access_log.3
# webalizer /var/log/httpd/access_log.2
# webalizer /var/log/httpd/access_log.1
# webalizer /var/log/httpd/access_log

http://www.jitaku-server.net/apache_webalizer.html
古いログから読ませないとうまく読んでくれない。どうやら最後に読み込んだ日時を覚えてるらしく、それ以前のデータは読もうとしない。
データを飛ばして読んだときには最初から読みなおさせよう